Durante essas campanhas, uma equipe de pesquisadores se desloca para a Base do Nupélia em Porto Rico, com o objetivo de obter dados importantes para o entendimento dos processos ecológicos na planície. 

As amostragens visam ao diagnóstico limnológico da bacia, incluindo as características físicas e químicas da água e a fauna e flora aquáticas. Foram realizadas em 36 estações, envolvendo rios, ressacos, canais e lagoas com diferentes graus de conexão com o sistema. Estas estações são caracterizadas sucintamente quanto às suas coordenadas, morfometrias e vegetação das encostas. 

Em 2000, 2001, 2010 e 2011, a área de estudo tinha 36 locais, incluindo rios, canais e lagoas isoladas e conectadas ao rio principal, distribuídas em três sub-bacias (rios Baía, Ivinheima e Paraná). Hoje, o monitoramento das condições ambientais na planície é feito em doze locais: Lagoa Ventura, Lagoa dos Patos, Canal Ipoitã, Rio Ivinhema, Canal Curutuba, Rio Baía, Lagoa Guaraná, Lagoa Fechada, Ressaco do Pau Véio, Rio Paraná, Lagoa do Osmar e Lagoa das Garças. 

Após as coletas, algumas comunidades são fixadas em laboratório, para análise de riqueza e abundância de espécies, enquanto outras são analisadas em campo. Parâmetros físicos e químicos da água são medidos tanto durante as coletas quanto no laboratório. 

A comunidade de peixes é estudada em relação a hábitos alimentares, reprodução, crescimento, parasitas e abundância de ovos e larvas. Esses dados são correlacionados para avaliar alterações ambientais devido a impactos antrópicos (como a construção de reservatórios) e naturais (como mudanças climáticas). 

O monitoramento, iniciado em 2000, segue métodos padronizados para garantir a comparabilidade dos dados, contribuindo para ações de manejo e conservação dos recursos hídricos, biodiversidade e estoque de peixes. Esse conhecimento é transmitido de forma acessível para as populações ribeirinhas, gestores públicos e sociedade em geral.