As amostragens visam o diagnóstico limnológico da bacia, incluindo as características físicas e químicas da água e a fauna e flora aquática. Foram realizadas em 36 estações, envolvendo rios, ressacos, canais e lagoas com diferentes graus de conecção com o sistema. Estas estações são caracterizadas sucintamente quanto às suas coordenadas, morfometrias e vegetação das encostas.